1、臭氧消毒：臭氧是一种广谱杀菌剂，可杀灭细菌繁殖体、孢子、病毒、真菌等。并破坏肉毒杆菌毒素。臭氧杀菌的机理是通过氧化破坏微生物膜的结构，达到杀菌效果。起初，臭氧作用于细胞膜，破坏细胞膜的成分，导致代谢紊乱。臭氧持续透过膜，破坏膜中的脂蛋白和脂多糖，改变细胞的通透性，导致细胞裂解、而死亡。臭氧灭活病毒的机理是通过氧化破坏病毒的RNA或DNA。
2、巴氏消毒：是指将液体加热到一定温度并持续一段时间，以杀死可能导致疾病、变质或不需要的发酵微生物的过程。巴氏消毒有两个主要功能：①用于纯化水系统中的活性炭等预处理单元的周期性消毒，RO/EDI单元的周期性消毒，以及储存与分配管网单元的周期性消毒;②用于注射用水系统正常运行时的微生物抑制。
3、化学消毒：化学消毒是指用化学消毒药物作用于微生物和病原体，使其蛋白质变性，失去正常功能而死亡。目前常用的有含氯消毒剂、氧化消毒剂、碘类消毒剂、醛类消毒剂、杂环类气体消毒剂、酚类消毒剂、醇类消毒剂、季胺类消毒剂等。
